Otro factor importante en el chocolate saludable son los componentes naturales de éste, llamados flavonoides.

Los flavonoides pueden también prevenir algunos tipos de cáncer.

Se ha comprobado que los flavonoides previenen la oxidación del colesterol ldl o "colesterol dañino" y elevan el nivel del colesterol hdl o "colesterol benéfico" en el torrente sanguíneo.

Estan directamente relacionados con el color, así que entre más obscuro el chocolate, más flavonoides contiene.